При работе с сайтами-модулями Apache совсем не обязательно лазить редактором в /etc/apache2 и править конфиги — можно всё это сделать из командной строки.
Чтобы включить/отключить модуль, используются команды:
Включить модуль:
sudo a2enmod module_name
Выключить модуль:
sudo a2dismod module_name
Чтобы включить/выключить сайт, используются команды:
Включить сайт:
sudo a2ensite site_name
Выключить сайт:
sudo a2dissite site_name
Каждую из этих команд можно запускать без параметров. Тогда выведется список возможных сайтов/модулей.
После каждого такого изменения, нужно перегрузить Apache.
sudo service apache2 restart